Morganrasens stamfader Figure föddes 1789 i Massachusetts, USA. Redan som föl kom han i kantorn Justin Morgans ägo genom att utgöra betalning för en skuld. Sedermera fick hingsten, och därefter den ras som uppstod, överta sin ägares namn. Hingsten Justin Morgans härstamning anses bestå av blod från huvudsakligen den arabiska hästen och det engelska fullblodet. Ryktet om den lilla hingsten med sitt tilltalande yttre och sin kapacitet som både stark och uthållig i arbete och snabb i dåtidens tävlingar, medförde att han tillfördes många ston. Justin Morgans tre mest inflytelserika söner, Sherman Morgan, Woodbury Morgan och Bulrush Morgan, förde Justin Morgans enastående egenskaper vidare i olika delar av USA, och inom en trettioårsperiod talade man allmänt om morganhästen som ras. Under första delen av 1800-talet utmärkte sig många morganhästar som tävlingstravare, och kom även att utgöra grunden för den amerikanska travarrasen. Morganhästen ligger också som grund för Amerikansk Saddlebred Horse, Tennessee Walking Horse och finns även bakom den Amerikanska Quarterhästen. När det Amerikanska inbördeskriget utbröt, var morganhästen ett självklart val för kavalleriet. Den amerikanska staten, som insett rasens uthållighet, styrka och stabilitet, startade en egen uppfödning av morganhästar. Idag har University of Vermont övertagit ansvaret för att föra aveln vidare. Morganrasens organisation fullföljdes 1894, då överste Joseph Battell, efter ett mycket om-sorgsfullt forskningsarbete, sammanställde det första amerikanska morganregistret. Stamboken stängdes 1948. Morganaveln i Sverige tog sin början 1973, då ett flertal avelshästar importerades från USA av Axel Ax:son Johnson till Isaksbo stuteri i Avesta. År 2005 uppgick antalet inregistrerade morganhästar sedan den svenska stambokens öppnande till 335 hästar.